[Trident44]

подойдет ли gcc для этих целий?
да, и clang подойдёт, читай про gcc-arm-linux-androideabi (в репах многих дистров есть)
И если есть, то желательно название IDE в которой это дело уже предусмотрено назвать.
vi
а если серьёзно - какая разница в чём писать?
Я скачал Android NDK, но это какая-то срань, создал новый проект и в нем тысяча каких-то прикладных непонятных файлов, в которых я запутался.
документацию читал? с тулчейнами когда-либо работал?
И второй вопрос, может ли программа влиять на другую программу, в том плане, есть ли у нее подобные права? И может ли программа выходить за рабочий каталог, то бишь к примеру редактировать файлы, глубже чем дериктория нахождения приложения.
и да и нет, читай про права доступа в *nix подобных системах, про ptrace и тд