Ну раз ты только начал копать..... тоя скажу в чем существенная разница для начинающих.
Во первых это цена. Стиллер можна до 100 долларов купить, средний трой с поддержкой хотя бы 3-5 модулей от 5к долларов. Разница на лицо
)
Стиллер кроме кражи логов и несения за собой полезной нагрузки, других функций не наблюдал.
Трой это резидент который тихо сидит на компе жертвы, получает и исполняет команды. От качества и цены троя зависит количество и возможности команд.